无国界记者呼吁台湾总统马英九遵守诺言，尊重公共媒体的独立性。在给无国界记者秘书长的一封信中，马英九称 : “我们认为，指责我们政府干涉台湾媒体，是来自一些错误的信息。”但是，无国界记者得到的报告，却显示执政党国民党某些决定妨碍了公共媒体的独立性。
 无国界记者表示，“台湾应该是亚洲新闻自由的榜样，公共媒体的独立是新闻自由和多元化的重要指标。我们愿意相信马英九总统的的保证，可是，诺言要转化成实际行动。我们知道政治势力对公共媒体施加压力的做法屡见不鲜，前任政府就做过类似的事情。在政客们争论之余，给媒体创造有利的法律、政治环境是非常重要的。我们要求总统先生对政府干预媒体的行为下令调查，并切实建立保证媒体独立性的系统。”
 马英九在给无国界记者新秘书长Jean-François Julliard的回信中说：“政府绝不控制、干涉媒体活动。中华民国政府明白媒体自由对民主制度的重要性。台湾执政党及反对党坚决支持赋予人民自由的权利”。
 Jean-François Julliard在十月底要求对当时国家媒体，尤其是中央广播电台(RTI)、中央社(CNA)承受政治压力一事作出解释，Jean-François Julliard写道，“根据无国界记者得到的证据，某些官员经常打电话给记者，要求改写报道。目前，这些官员试图指定亲政府人士进入媒体的管理层，以达到全面控制媒体的目的。”

2008年12月10日，公共电视的董事长及其它在公共电视服务的一级主管发布了一条公告，揭发执政的国民党试图控制电视台的行为。他们要求保证公共电视的言论自由。公视集团包括公共电视、客家电视、原住民电视、中华电视公司。
 在议会冻结公共电视一半的预算后，国民党似乎加紧对公共电视台的控制。同时，议会的两个委员会决定，客家电视、台湾宏观电视、原住民电视的节目都要经过有关政府部门的审查。国民党这些议员还要求在新闻局审核公共电视台节目内容通过后，公共电视台才可以获得政府拨款。

国民党有影响的议员也要求重新审核公视法，以求国民党能控制董事会。据几个消息来源透露，林益世议员可能宣称要取消谈话节目《公共电视台-有话好说》，因为这个节目批评政府过于严苛。

10月，国民党占多数席位的议会决定任命公共电视台董事会六名新成员。这六名成员在执政党的主导下产生。