北京方面一位政府代表访台期间，若干记者遭到暴力虐待，无国界记者对此深表遗憾。另外，一名记者摄制游行示威却遭到警方传唤，无国界记者对该事件表示不满。

无国界记者表示，“支持反对党的积极分子有权游行，然而，不顾记者安全，并使用用暴力的做法让人愤慨。虽然大陆和台湾之间的问题十分敏感，但是，媒体有权对此作出报道，而不应该成为暴力镇压的对象。”

2008年11月6日，在台北举行的海峡两岸关系协会（隶属中国大陆政府）会长陈云林和台湾总统马英九会见期间，反对党支持者组织游行，民进党的积极分子和警方发生冲突。游行中至少十名记者受伤，例如，一名记者被示威者投掷的硬物所伤，ETTV摄像师杨孙仁遭石块袭击，FTV一名记者被警察所伤。

11月5日晚，中国CCTV女主播柴璐在酒店前遭到反对者袭击，十分钟后到达的警察对其实施保护措施。同晚在同一地点，一名香港凤凰电视台的记者也有过类似的遭遇。

11月4日，纪录片导演陈玉清在北京方面代表下榻的宾馆前被警察传唤并遭到虐待。陈玉清拒绝出示特派记者证件而被警方扣押了一个小时。

11月2日，一名新闻中心的摄像师拍摄在为北京方面代表举行的欢迎仪式时遭到保安人员的无理对待。

另外，一些台湾媒体抱怨由于总统马英九和陈云林会面的“安全原因”而被禁止靠近，而大陆记者却可以畅行无阻。